巴隆城
游戏一开始是自动剧情，在飞空艇上遇到怪物袭击经过一次战斗后，主角塞西尔带着水晶回到巴隆城。塞西尔对国王最近的行为感到疑问，这另国王很生气，从而被撤掉赤翼队长的职务，并指派他去消灭幻兽和把爆弹戒指拿到迷雾谷的任务。接下来继续发生剧情，凯因为塞西尔向国王求情因而也被指派一同去做任务。与凯因对话后塞西尔在回到左侧自己房间，途中分别会遇一罗莎与西德，对话后回到房间休息（在房间会遇到一个可爱的兔子叫命名威，想改名字尽快吧，错过了以后就改不了了。以后这个兔子会在后面的剧情不断出现，到时候会以不同的形象出现在大家面前）。夜晚罗莎来到塞西尔的房间发生剧情，第二天和凯因一起前往迷雾谷。
去往迷雾村前可以到巴隆镇走走，这里有一所叫“魔鬼之路”的房子里，与里面所有的人对话可以了解游戏的战斗和帮助介绍，完成后可以得到“成就称号”。（最终幻想4的这个版本增加成就，达到某种游戏要求后就可以得到一个成就称号。）
迷雾洞窟
从巴隆镇出来一直往地图的左上方走就会看到迷雾洞窟，这里是通往迷雾谷的必经之路，一直往里走会遇到雾龙，打败守护这里的雾龙后来到迷雾谷。（在洞穴中会遇到地形威也就是之前的命名威，这次它的工作不是命名而是画地图，它会送给你一张地图，在每个迷宫中完成100%探索后会得到道具奖励。）
BOSS 雾龙
上手的第一个BOSS很简单，当BOSS变成雾状时攻击无效，暗黑是它的弱点属性，凯因的跳跃是不错的攻击方式。
迷雾谷
来到迷雾谷发生剧情，塞西尔手上的戒指幻化出许多火球，火球竟然将整个村子烧毁了，之后两人恍然大悟，国王的目的原来是消灭所有的召唤士，而刚才消灭的雾龙，正是眼前这个小女孩的母亲，是整个村子的守护神！之后会与女孩强制进入战斗，在女孩的一招大地之怒下，大地出现裂缝，然后众人都晕过去了。塞西尔醒来后发现凯因失踪了，歉疚的塞西尔决定要好好保护这个晕过去的小女孩。
凯波村
塞西尔把小女孩带到凯波村并住进了旅馆，在旅馆中遇到了巴隆的追兵解决他们后莉迪亚加入队伍。然后与村民聊天得知村里出现了一个女孩，在村里右上角的房间里遇见昏迷的罗莎之后会得到“自动恢复药”，这个药可以给指定的人学会自动恢复的传承能力。从旁边的老人处知道需要幻之宝石“沙漠之光”才能救醒罗莎，塞西尔决定前往蚁狮洞穴。（在这里又可以遇到生命威也就是之前的地形威，他现在的工作不再画地图，而是收集怪物的资料，在它这里可以看到怪物图鉴）
地下水脉
从凯波村出来后稍往上走就会到达地下水脉洞穴了。在途经的地下水脉中，塞西尔遇到了一个老贤者泰拉，从他口中得知，自己的女儿和一个吟游诗人蒙骗私奔了，于是泰拉加入队伍。途中会有记录点好好利用吧！
通往地下瀑布
走出山洞后往上走进入通往地下瀑布洞穴，一往前走跳下瀑布继续探索迷宫。在最底层终于遇到本关的BOSS八只脚的恶心章鱼。解决完它后直接从瀑布穿过去就可以到达达姆希安了。
BOSS 章鱼
这个BOSS是弱雷的，用莉迪亚的雷魔法轰炸吧。
达姆希安
众人正准备进入达姆希安时，发现赤翼飞艇袭击了这个城镇，众人赶快进入，发现这里已经变成了废墟，泰拉终于找到了自己的女儿安娜，可惜她此时已经是奄奄一息了。愤怒的泰拉与与吉尔伯特打了起来，剧情后泰拉离开队伍，吉尔伯特加入。接着乘坐气垫艇来到蚁狮洞穴。
蚁狮洞窟
只要一直往前走到里面就可以遇到BOSS。打败它后就可以得到“沙漠之光”，然后坐飞空艇回到凯波村。
BOSS 蚁狮
这个BOSS的弱点是冰，用莉迪亚的黑魔法对付它，然后吉尔伯特负责回复HP。特别要注意当BOSS眼睛发红时攻击力会提高，应尽量防御。
凯波村
众人来到右上角的屋子里，治好罗莎后她会加入，然后在村子里休息一个晚上。当晚会发生剧情挺感人的。第二天众人前往蚁狮洞穴右上方的霍布斯山。在离开凯波村前到村子里面会发现一个发光点，调查得到传继能力道具“道具知识”！
霍布斯山
调查门口的冰山，引发丽蒂亚克服心理障碍并习得火焰魔法的剧情，随后一路登上山顶发生剧情，看见一人抵挡众人的杨，于是主角上前迎救。战斗胜利后，杨会加入我们的队伍。出了山脉后往右走来到法布尔城。
BOSS 大爆弹
由于BOSS在承受了一定程度的伤害后会用自爆攻击，所以看到提示后要迅速回复HP并全体防御好，之后BOSS会变成六个球，先攻击红色的球，蓝色的会自爆所以不用理会，注意及时回复即可。
法布尔城
众人回到法布尔城，向国王讲述了巴隆将有人前来夺取水晶。为了守护水晶，众人艰难的与攻城的敌军发生了多次战斗，众人最终被逼退到水晶之间，这让塞尔西怎么也没想到的是，这次前来夺水晶的既然是凯因，与凯因此战必败，然后进入剧情最终罗莎被抓去，水晶也被凯因夺走。在旅馆休息一晚后，第二天国王安排了船并赠予塞尔西一把“夺命之刃”。（在旅馆中又会遇到那只穿红衣的兔子，此次它变成了录影威，可以在他那里查看迄今为止记录下的事情。另外它把怪物图鉴转赠给了陆行鸟，想要查看怪物图鉴只能找到那只陆行鸟了。）接着众人从上方来到海岸，发生剧情从杨的老婆手上得到传继能力道具“反击”！众人上船后在航行途中不幸遇到了海怪利维亚桑，在利维亚桑的攻击下发生海难了。塞尔西醒来发现自己来到一个陌生的海岸上，并与所有的伙伴失散了。
密西迪亚
塞西尔往右走来到了密西迪亚。一直往上走来到祈福之馆与长老对话，向长老诉说自己的经历后，长老劝塞西尔去试练之山接受圣骑士的修行，并派黑魔法师帕罗姆和白魔法师普罗姆与其同行。
试练之山
在塞西尔登上试练之山的同时，剧情转高贝札这边，他开始感受到了塞西尔的威胁，于是派四大天王土之斯卡米留尼来消灭塞西尔，看来塞西尔前面的路必定艰难万分啊！在前进的途中与泰拉重逢，随后泰拉加入队伍。众人随后来到山顶上遇到BOSS-四大天王之一的土。打倒BOSS后继续调查山顶上的石碑。然后进入剧情塞西尔将与过去自己黑暗骑士身份交战，不需要攻击只要防御一次就可以了，之后成功专职成为圣骑士！泰拉也回忆出了他所有的魔法并且学会了陨石魔法！
BOSS 土之斯卡米留尼
第一战，BOSS的弱点是火，使用黑魔法师用火魔法攻击。但要注意BOSS受到攻击后会用魔法反击，但威力不是很大大，用白魔法师免责回复HP，还是比较容易解决的。
进入第二战之前最好去存储点恢复一下。此次BOSS会偷袭，而且善长用沉默和中毒的魔法，所以白魔法师在本次战斗中很重要，要及时恢复HP和解除异常。然后用黑魔法师不断用火属性魔法攻击，如此几个回合后就可以消灭BOSS了。
密西迪亚
回到密西迪亚，先去长老那里，对话后发生剧情然后就可以通过魔鬼之路回到巴隆了，此后帕罗姆与普罗姆也会继续成为伙伴。
巴隆镇
首先去旅馆在二楼与中了催眠的杨发生战斗后杨回到队伍，并获得巴伦之匙，打开镇中左上角的门，进入古老的水道，来到巴伦城的内部。
巴隆城
穿过古老的水道进入巴隆城，在城中遇到了以前的部下贝迦恩，原来他是也被高贝札操控了，然后少不了一场大战。把败他后众人继续前进来到大殿，原来这一切都是一个阴谋，巴隆王化成风之天王向我们攻来。打败