出现隐藏画面：
在MISSION 5的最后的指令线上，在输入指令时按三次C△掣，当听到有特别声音就代表成功，那玩者就可以看到原本两部EVA是会?陆失败，变成成功的画面。
出现所有的ACTION VIEWER：
当玩家在游戏开始时所播映的DEMO中，出现“株式会社BEC”时立刻按2P手掣的所有C掣，然后同时按1P手掣的START掣，当听到伊吹说话后，便可以令ACTION VIEWER的画面全部出现。
混合对战模式
若能完成HARD MODE和出现所有的ACTION VIEWER后，玩者只要在最初战斗的DEMO中，按?2P手掣的L和R掣，而同时1P亦要按其手掣的START掣，便可以进行EVA和使徒的混合对战模式了。
可以有两位玩家进行的VS MODE
在完成HARD MODE后，选择游玩MISSION 11，然后在说明画面中按2P手掣的R和Z掣，同时亦要按1P手掣的START掣，那此游戏便能够以两人进行。另外，若输入2P的指令期间同时按?C掣，便可以改变2P所使用的角色，1P则要按R和C才可；而其对应的机体是C↑为零号机、C↓为初号机、C←为二号机，而C→为三号机。
利用绝对领域：
在MISSION 12中与自己的战斗部队战斗时按?C↓来按A，便可以和用绝对领域来向敌人攻击。
上升同步率：
在与同步率有相对关系的STAGE中，在使出绝技时连按A掣，便可以令同步率上升。
跳过电影片段
在游戏中按2P的Z。于是除了战斗片段外，所有影片片段也会跳过。另外，也可使用REPLAY模式。
扩大缩小画面
选择“查看达成度”，按L制便会扩大画面；按R制便会缩小画面。
改变武器
在与二号机模拟战斗后的使徒对战中，使徒自我分离后的数回合中，美里会说“准备了新的武器”。在这之后，向建筑物中以红色表示的在方前进。于是便可在以后的战斗中装备不同的武器。另外，以此状态，在下次战斗作防御时，由第1回合至第7回合，便会发生切断电源的隐藏事件。
暴走事件
当在使徒最后战斗中同步率是负数时，以30回合以上推进。这时不用逃避使徒攻击，便会发生暴走现象。暴走时方向制的操作是完全逆转的。
隐藏模式（BY 小民）
若用以下难易度来完成STORY MODE，便会出现隐藏模式。
难易度 隐藏模式 内容
EASY SOUND MODE
（在OPTION MODE内） 听取声效
NORMAL MODEL MODE
（在OPTION MODE内） 观看游戏内的所有机体及使徒
HARD ACTION MODE
（在OPTION MODE内） 观看游戏中所发生的特别事件
MISSION SELECT
（在SIMULATION MODE内） 选择STORY MODE任何一版