phonegap自己的定位是混合开发hybrid，用原生+js；
HBuilder的定位是纯js搞定一切。
5+ 和 phonegap在能力、性能、开发便利性上都优于phonegap。
先看能力：
- 5+ 有HTML5+和Native.js技术，HTML5+包含常用的跨平台的几百个API，能满足常规开发需求，而Native.js把40w原生api映射成js对象，这样js可以直接调原生。HTML5+和Native.js的组合形成了最强大的能力引擎。 而phonegap需要用原生工程师写原生插件并给js开发者封装接口才能实现js调原生能力，开发成本、对人的要求都不一样。
- 当然5+ 也支持原生插件，这点和phonegap类似。一个已经写好的原生sdk，无需使用Native.js重写，也可以通过5+ sdk来集成。详见文档中心 - 5+ App - 5+ SDK
- 5+的直接封装的跨平台api比较全，二维码、摇一摇、地图、微信分享、语音输入、推送这些常用api都是跨平台的，使用方便简单。详见 http://www.html5plus.org/
再看性能：
phonegap做的app，在低端Android手机上很难流畅运行，否则HTML5早就火了，原生开发早就被挤压了。Phonegap为了避免HTML5的体验不佳，采用了spa模式，但这个模式其实在低端机上也玩不转，而且代码非常复杂。
5+ App的性能更高，它的动态效果都是被我们的增强引擎处理的，通过增强的引擎，可以在低端机上流畅的运行各种动态效果，比如侧滑菜单、下拉刷新、长列表滚动，见 官网首页 - App选项卡- 性能视频
最后看开发便利性：
phonegap没有专业开发工具，语法提示、调试、打包都很麻烦。
而在HBuilder里，5+的语法api提示非常完善；
把手机通过数据线连上电脑，HBuilder可以真机运行，保存一个页面立即在手机上看到效果，Android上还可以看console.log。而用phonegap，你改完一个页面，不得不先打包，然后安装在手机上，然后发现不对，然后改下代码，然后继续打包。。。
关于打包，phonegap由adobe提供了云打包，但需要先在本机准备资源，然后提交到国外的服务器，而HBuilder是一键打包，更加方便。当然phonegap和HBuilder都支持本地打包，那样就需要点原生开发知识了。
除了工具和runtime，还有mui框架
phonegap只是一个手机runtime，没有HBuilder工具，更没有Mui框架。
mui是目前最接近原生App的HTML5框架，它的体验比jqm、bootstrap等框架更接近原生，它的性能远高于jqm、bootstrap、Ionic、framework7等框架。
这种性能差别原因有2，一方面是设计思路不同，mui坚持用原生js做，不依赖jquery或angularjs，因为框架的依赖越多，App性能越差；另一方面是因为mui调用了5+的底层原生加速，这比不带原生加速的框架更快。
mui详见：http://dcloudio.github.io/mui/
当然phonegap有一个优势，就是能支持windows phone、blackberry，这方面5+确实没有支持。