私有链则仅在私有组织使用，区块链上的改写权限、参与记账权限按私有组织规则来制定。私有链的应用场景一般是企业内部的应用，如数据库管理、审计等。也有一些比较特殊的组织情况，比如在政府行业的一些应用政府的预算和执行，或者政府的行业统计数据，这个一般来说由政府登记，但公众有权力监督。私有链的价值主要是提供安全、可追溯、不可篡改、自动执行的运算平台，可以同时防范来自内部和外都对的安全攻击，这个在传统的系统是很难做到的。根据资料的解读，央行发行数字货币可能就是一种私有链。和联盟链类似，私有链也是一种许可链。
币科学(Coin Science)公司推出供企业建立私链的多链(Multichain)平台。它提供保护隐私和权限控制的区块链平台，来克服在金融行业里碰到的推广区块链技术的障碍。多链的目标有以下3个:
1)保证区块链上的活动只能由选择的参与者看到
2)引人机制来控制哪些交易是被允许的交易
3)提供安全的挖矿机制，同时不需要工作量证明以及与其相关的成本。
多链把挖矿权限制在一组实名的矿工范围，解决了一直困扰私有链解决方案中的一方垄断挖矿过程的问题。它的解决办法是限制在同一个时间窗口同一矿工能产生的区块链数。不像比特币那样只支持一条区块链，多链可以方便地配置多条区块链，并让用户同时用多条链。这样的话，机构用户可以让管理员配置区块链而不需要由区块链专业开发者来做。
多链让用户在一个配置文件中配置区块链的所有参数，这些参数包括:
口区块链的协议，例如是私有链还是像比特币那样的公共链
口目标区块产生时间，例如1分钟
口权限，例如所有人能连接，只有一些人能发送或接收交易
口挖矿的不同形式（只适合于私有链）
口建立、移除管理员和矿工所需要的共识的程度，以及在建立期不需要强制执行的期限(只适合于私有钱)
口矿工的报酬，例如每区块50个币、然后每210 000个区块减半付酬
口邻节点连接和JSON RPC API的IP端口，例如8571.8570
口允许的交易类型，例如paytoaddress.paytoinultisig.paytoscripthash等
口最大的区块大小，例如1MB
口每个交易的最大元数据(OP_RETURN)、例如4KB.
多链在节点的"握手。连接过程如下：
1每个节点提供它的公共地址，使其他节点能将它的地址包括在允许连接的清清单中
2每个节点验证邻节点的地址是在它的授权连接的节点清单里
3每个节点发一个盘问(Challenw)消息给其他节点
4每个节点发回一个回复盘问信息的签名，证明拥有他们的对应公共地址的私钥
5如果双方对对方回复不满意，可随时中断连接。
在多链里，所有的权限的授予和回收都是通过包含特殊元数据的网络交易来实现的。找到创世区块的矿工被自动授予所有的权限，包括管理其他用户的管理员权限。管理员通过发交易给其他用户，并在交易的输出中包含授权用户的地址以及授权信息的元数据来给其他用户授予相应的权限。当要改变其他用户的管理和挖矿权限的时候，一个额外的限制条件是要由现有的管理员投票来决定。这些管理员的投票需要登记在不同的交易中，只有当足够的共识形成之后才能通过改变。
多链在很多方面的设计是为了使得用户在私链和比特币区块链能够进行双向迁移。多链是基于比特币核心的一个分叉。所有的对比特币的代码改变都是本地化的改变。未来比特币的升级功能可以并入多链的本地代码。它基于比特币的协议，交易和区块链架构，只是在握手协议上有所改变。其他的功能是通过元数据，同时改变交易和区块的验证规则来实现的。在接口方面与比特币完全兼容，所有的新功能通过新的命令来提供。它可以做成普通比特币网络的一个节点。
多链提供一个在企业内快速部署私链的解决方案。可以用于如去中心化交易所、数据库同步、货币结算、债券发行和P2P交易、消费行业积分奖励机制等场景。